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$ cat a.c
#include <stdio.h>
#include <SDL/SDL.h>

int main(int argc, char* argv[])
{
        return 0;
}

$ gcc a.c -I/usr/local/include `sdl-config --cflags --libs`
$ ls
Devs/  a.c  a.exe*
$ 
$ gcc a.c -I/usr/local/include/ `sdl-config --cflags --libs`
a.c:2:21: SDL/SDL.h: No such file or directory
$ 

SDL.h は /usr/local/include/SDL/ に入ってます。
こんなことってあったっけ。結局2時間ぐらい潰れた。
FreeBSD を使ってたときはこんなこと気にもしてなかったのでハマりまくり。
環境は MinGW 4.1, MSYS 1.0.10。